В 1652 г., после смерти патриарха Иосифа, духовный собор в угоду царю избрал Никона на его место. Он упорно отказывался от этой чести до тех пор, пока сам царь в Успенском соборе на виду бояр и народа не поклонился Никону в ноги и не умолил его со слезами принять патриарший сан. Но и тогда он посчитал нужным обговорить свое согласие особым условием. «Будут ли меня почитать как архипастыря и отца верховного и дадут ли мне устроить церковь?» — спросил Никон.
Царь, а за ним власти духовные и бояре поклялись в этом. Только после этого Никон согласился принять сан. Просьба Никона не была пустой формальностью. Он занял патриарший престол, имея в голове сложившуюся систему взглядов на церковь и государство и с твердым намерением придать русскому православию новое, невиданное прежде значение. Вопреки явно обозначившейся с середины XVII в. тенденции к расширению прерогатив государственной власти за счет церковной (что должно было в конце концов привести к поглощению церкви государством), Никон являлся горячим проповедником симфонии властей. В его представлении светская и духовная сферы жизни должны были сохранять полную самостоятельность. Патриарх в религиозных и церковных вопросах, по его мнению, был таким же неограниченным властителем, как царь в мирских. В предисловии к Служебнику 1655 г. Никон писал, что Россия получила от Бога «два великих дара» — царя и патриарха, которыми все строится как в церкви, так и в государстве. Впрочем, и на светскую власть он смотрел через призму духовной, отводя ей только второе место. Архиерейство он сравнивал с солнцем, а царство — с месяцем и пояснял это тем, что церковная власть светит душам, а царская — телу. Царь, по его понятиям, был призван от Бога удержать царство от грядущего антихриста и для этого ему надлежало снискать Божию благодать. Никон, как патриарх, должен был стать учителем и наставником царя, ибо, по его мысли, государство не могло пребывать без высших, регулирующих его деятельность церковных идей.
Вследствие всех этих соображений Никон без малейшего смущения, как должное, принял огромную власть, которую Алексей Михайлович охотно предоставил ему в первые годы его патриаршества. Сила и влияние Никона в это время были огромны.
Отправляясь в 1654 г. на войну в Малороссию, Алексей Михайлович доверил патриарху свою семью, свою столицу и поручил ему наблюдение за правосудием и ходом дел в приказах. Во время двухлетнего отсутствия царя Никон, официально принявший титул великого государя, единолично управлял всеми государственными делами, причем знатнейшие бояре, ведавшие различными приказами, должны были ежедневно являться к нему с докладами. Нередко Никон заставлял бояр долго ждать приема на крыльце, даже если в это время был сильный холод, и затем, допустив к себе, требовал докладывать стоя, сделать ему земной поклон. Все боялись патриарха — ничего важного не предпринималось без его совета и благословения.
В церковных делах Никон явил себя таким же неограниченным властителем, как в государственных. В соответствии со своими представлениями о значении церкви в жизни общества, патриарх принимал строгие меры для укрепления дисциплины духовенства. Он всерьез хотел сделать из Москвы религиозную столицу, подлинный Третий Рим для всех православных народов. Но чтобы русская церковь отвечала своему назначению, она должна была стать просвещенной. Никон заботился о повышении культурного уровня духовенства: завел библиотеку с сочинениями греческих и римских классиков, устраивал типографии, выписывал киевских ученых для перевода книг, учреждал школы иконописи и образовательные и наряду с этим заботился о благолепии богослужения. Вместе с тем он стремился привести русскую церковную службу в полное соответствие с греческой, уничтожив все обрядовые отличия первой от второй. Это была застарелая проблема — о ней уже несколько десятилетий вели разговоры, но никак не могли приступить к ее разрешению. Дело на самом деле было очень сложным. Испокон веков русские православные пребывали в полной уверенности, что сохраняют христианское богослужение в полной и первозданной чистоте точно таким, каким оно было установлено отцами церкви.
Однако восточные иерархи, все чаще наезжавшие в Москву в XVII в., стали укоризненно указывать русским церковным пастырям на многочисленные отклонения русского богослужения от греческого как на недопустимые, могущие расстроить согласие между поместными православными церквами. В русских богослужебных книгах они замечали многочисленные разночтения с греческими. Отсюда возникала мысль о вкравшихся в эти книги ошибках и о необходимости найти и узаконить единообразный правильный текст.
В 1653 г. Никон собрал с этой целью духовный собор русских иерархов, архимандритов, игуменов и протопопов. Царь со своими боярами присутствовал на его заседаниях. Обратившись к собравшимся, Никон прежде всего привел грамоты вселенских патриархов на учреждение московского патриаршества (как известно, это произошло при царе Федоре Ивановиче в самом конце XVI в). Патриархи указывали в этих грамотах на некоторые отклонения в русском богослужении от тех норм, что установились в Греции и других восточных православных странах. После этого Никон сказал: «Надлежит нам исправить как можно лучше все нововведения в церковных чинах, расходящиеся с древними славянскими книгами. Я прошу решения, как поступать: последовать ли новым московским печатным книгам, в которых от неискусных переводчиков и переписчиков находятся разные несходства и несогласия с древними греческими и славянскими списками, а прямее сказать, ошибки, — или же руководствоваться древним, греческим и славянским текстом, так как они оба представляют один и тот же чин и устав?» На этот вопрос собор дал ответ: «Достойно и праведно исправлять, сообразно старым харатейным и греческим спискам».
Никон поручил исправление книг киевскому монаху-книжнику Епифанию Славицкому и греку Арсению. Всем монастырям было дано указание собирать старые харатейные списки и присылать их в Москву. Отправленный патриархом в Грецию Арсений Суханов привез с Афона пятьсот рукописей, в том числе и очень древние. Вскоре собрали новый собор, на котором было постановлено, что отныне следует креститься тремя, а не двумя перстами. А тем, кто будет креститься двумя перстами, пригрозили проклятием. Это решение привело в смущение многих священников. Особое неудовольствие вызвало оно в кружке «ревнителей благочестия», который сложился в Москве еще до патриаршества Никона. Возглавляли его царский постельничий боярин Федор Ртищев, царский духовник Стефан Вонифатьев и протопоп Казанского собора Иван Неронов. Затем все большее значение стал играть в нем протопоп Аввакум Петров.
Аввакум родился в 1621 г. в селе Григорово Нижегородского уезда в семье попа.
Отец его сильно пил и умер, когда мальчику едва исполнилось 15 лет. Мать Аввакума, Мария, была, как он сам о ней пишет, «молитвенница и постница». Во многом под ее влиянием Аввакум пристрастился к чтению духовных книг и приобрел в этой области глубокие познания. Он вообще был юноша очень способный — имел дар слова и исключительную память. Его церковная карьера (к которой он был предназначен во многом уже своим рождением в семье священника) развивалась успешно. В 21 год Аввакума рукоположили в дьяконы, в 23 года избрали попом, а в 31 год — протопопом (старое название протоиерея). Повсюду, где довелось служить Аввакуму (вначале это было село Лопащи, а потом город Юрьевец-Повольский), молодой священник требовал от паствы безусловного благочестия и боролся с многоголосием.
Он смело уличал в мздоимстве местных «начальников», унимал от «блудни» баб и налагал на провинившихся прихожан строгие наказания. Возмущенные его непомерной строгостью жители Лопащи несколько раз избивала Аввакума батожьем прямо посреди улицы, а юрьевцы изгнали его из своего города.
Лишившись своего прихода, Аввакум в 1651 г. перебрался в Москву и стал помощником Неронова — заменял его во время отлучек, читал народу священные книги и поучения и вскоре приобрел известность как замечательный проповедник Неронов ввел приезжего протопопа в кружок «ревнителей благочестия», а потом представил его царю Алексею Михайловичу. Вместе со своими друзьями Аввакум поддержал возведение Никона на патриарший престол. От нового патриарха «ревнители» ожидали восстановления древнего порядка в богослужении. Отчасти их ожидания оправдались.